系统发育树构建方法
2010-08-20 10:09:06   来源：本站原创   评论：0 点击：

分子进化研究的基本方法
对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。
    表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性，而遗传性关系含有祖先的信息，因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。文献中，更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称.
    系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。

用于构建系统进化树的数据有二种类型：一种是特征数据(characterdata)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得，但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统进化树的构建质量依赖于距离估算的准确性。

1)        打开clustal X，载入上述序列，“load sequences”→“output format options”：

“CLASTAL FORMAT”;CLASTAL SEQUENCES NUMBERS:ON;

ALIGNMENT PARAMETERS:

“RESET NEW GAPS BEFOR ALIGNMENT”

“MULTIPLE ALIGNMENT PARAMETERS”→设置相关参数

2)      “DO COMPLETE ALIGNMENT”→FILE→SAVE AS,掐头去尾。

3)        打开MEGA 4,FILE→CONVERT TO MEGA FORMATE→SAVE→FILE→OPEN DATA→CONTAINING PROTAIN SEQUENCES? NO →PHYLOGENY→BOOTSTRAP TEST OF PHYLOGENY→N J →

设置相关参数。最后看到系统发育树

这里要介绍的是Bioedit-Mega建树法，简单实用，极易上手。

1 将所测得的序列在NCBI上进行比对，这个就不多讲了。

2 选取序列保存为text格式。

3 运行Bioedit，使用其中的CLUSTAL W进行比对。

4 运用MEGA 4 建树，首先将前面的文件转化格式为mega格式，然后进行激活，最后进行N-J建树。

此法简单实用，树形美观。